A ópera Mocanna narra a história de um falso profeta na Pérsia. Mocanna, um homem de extraordinária sagacidade, utiliza fenómenos físicos e a arte de adivinhar para se fazer passar por um profeta enviado do céu com o fim de libertar o povo. Ao fanatizar os persas, consegue destronar o rei legítimo, Mahdy, que é forçado a fugir para o Egipto. Uma vez no poder, Mocanna torna-se um déspota entregue aos vícios, dissimulando as suas ações com a capa da religião para que o povo continue a adorá-lo.

Entretanto, Azim, um valoroso guerreiro leal a Mahdy, exila-se e adota o nome de Bethim, jurando vingança contra Mocanna e amor eterno à sua futura esposa, Zelica. Devido à ausência de Azim, Zelica adoece gravemente e perde a razão. Mocanna, enamorado da sua beleza, rapta-a e restitui-lhe a saúde. Para a forçar a casar consigo, convence Zelica de que Azim morreu, garantindo-lhe que se poderão reencontrar no céu caso ela aceite ser sua esposa clandestina. A jovem cede ao engano, casando-se rodeada por múmias e espectros.

Anos mais tarde, Azim descobre que Zelica está cativa nas mãos do seu inimigo, mas confia na fidelidade dela. Alia-se então a Mahdy para invadir a Pérsia e punir o falso profeta. Para conseguir proteger Zelica, Azim usa o estratagema de se infiltrar nas hostes inimigas, oferecendo-se ao próprio Mocanna como defensor do reino. O usurpador, conhecendo a fama militar do disfarçado Bethim, aceita-o de bom grado, momento em que a acção principal da ópera se inicia.

O primeiro ato começa na sala régia em Koraçan, onde o povo e os grandes do reino exaltam o poder de Mocanna, o «Profeta Velado». O usurpador anuncia a chegada do invicto general Bethim (o herói Azim disfarçado), que se oferece para defender a Pérsia contra a invasão egípcia. Mocanna aceita a sua lealdade, sem suspeitar que Bethim é, na verdade, o seu maior inimigo, que ali está para resgatar a sua amada Zelica e vingar-se. Durante a receção festiva de Bethim, Mocanna ordena que a sua «dama predileta» coloque uma banda honorífica no peito do novo general. No momento em que a dama levanta o véu, revela ser Zelica. O choque do reconhecimento é imediato: Zelica, acreditando que Azim estava morto e vivendo num estado de demência e servidão, desmaia ao vê-lo vivo à sua frente. Azim, por seu lado, tem de conter a sua fúria perante o tirano para não comprometer o seu plano de infiltração.

Ao longo dos atos seguintes, a tensão aumenta enquanto as tropas egípcias de Mahdy avançam. Zelica vive o tormento de estar ligada a Mocanna por um casamento macabro, enquanto Azim tenta organizar a queda do falso profeta a partir do interior. A trama culmina no confronto final entre a farsa religiosa de Mocanna e a força militar e moral de Azim, que luta para libertar Zelica e restaurar o verdadeiro rei ao trono da Pérsia.